中国国民党在吴敦义当选主席后本土蓝占上风，路线之争蠢蠢欲动，被类比1988年蒋经国过世后李登辉接班，拉动本土化路线所造成的分裂。以现今时空和两岸关系，国民党要再像1993“新国民党连线”反李出走组新党参政的可能性极低，党中有派是较可能的发展。然而，吴敦义若维持既有两岸论述，蔡英文的困境未来也会成为他的困境。